Costituitasi nel 1996 in occasione del 1° Palio dei Borgia, la Contrada Santa Croce, che prende il nome dall'antichissima Chiesa dedicata alla Santa Croce posta nella Piazza dello Spedale, nasce senza non poche difficoltà iniziali, per iniziativa di alcune volenterose persone, forti della loro precedente esperienza organizzativa nell'allestimento della festa dedicata alla Madonna di Costantinopoli, meglio conosciuta come "Madonna dei Matti", la cui immagine si venera presso la Chiesa di San Giovanni decollato, situata nella omonima piazza.

La Contrada nella parte nord-est della città, comprendente tutto il lato sinistro di via Garibaldi, sino alla Chiesa di San Bernardo e l'attiguo ex Monastero delle Monache Cistercensi.

Numerosi sono gli appartenenti alla Contrada Santa Croce, i quali si dividono in addetti alla sala e alla cucina, e in figuranti che sfilano per le vie cittadine, componendo, con le altre contrade, il lungo corteo rinascimentale che rievoca l'ingresso di Lucrezia Borgia a Nepi nel 1499, allorché fu nominata dal padre, Papa Alessandro IV, duchessa della nostra città.

La Contrada si fregia di aver ottenuto sino ad oggi cinque vittorie nella storia del Palio dei Borgia (1996, 2002, 2004, 2005, 2013) ed aver ottenuto diverse vittorie nei giochi popolari quali il tiro alla fune e la corsa dell'ariete.

Nel 2007 la Contrada si aggiudica il premio come Miglior Contrada per aver meglio interpretato la rievocazione storica.

Piazza della Misericordia ospitava fino al 2011 la suggestiva e caratteristica scenografia della taverna, nostro fiore all'occhiello. Dal 2012 invece, per indisponibilità della piazzetta, la Taverna è allestita nello spazio dopo Porta Falisca dove si possono gustare, oltre alla caratteristica carne alla brace, prelibate pietanze, un tempo preparate nelle case dei contradaioli, oggi cucinate direttamente sul posto, e annaffiate dal buon vino proveniente dalle cantine di Gallicano nel Lazio. Le cene nella Taverna vengono allietate da divertenti giochi popolari, tra i quali caratteristici sono quelli come la gogna, la gabbia e la ruota della tortura, ossia le terribili pratiche dell'epoca Medioevale, alle quali i più facinorosi della città erano condannati.